柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。 柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
演员：木村良平 冈本信彦 花泽香菜 小野贤章 小野大辅 下野纮 诹访部顺一 置鲇龙太郎 宫野真守 平川大辅 江口拓也 铃木达央 小野友树 丰永利行 松冈祯丞 花江夏树 河西健吾 滨野大辉 村田太志 山本格 山下大辉 石川界人 小林裕介 手冢弘道 樱井孝宏 柿原彻也 苍井翔太 野濑育二 逢坂良太 大原沙耶香 大川透
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